Přírodní památka Čistá hora byla zřízena v roce 2011 na rozloze 0,66 ha. Přírodní památka vznikla z důvodu ochrany evropsky významné lokality. Předmětem evropské ochrany je lokalita hořečku českého (Gentianella praecox subsp. bohemica). Přírodní památka se nachází z hlediska biogeografického členění v sušickém bioregionu, z hlediska fytogeografického členění ve fytogeografickém podokrese Volyňské Předšumaví, v nadmořské výšce cca 737 - 747 m n. m.

Podle stávající platné nomenklatury (Kubát: Klíč ke květeně ČR, 2002) je zdejší druh hořečku určen jako taxon hořeček mnohotvarý český (Gentianella praecox subsp. bohemica). Vyhláška MŽP ČR č. 395/1992 Sb. řadí hořeček mnohotvarý český mezi zvláště chráněné druhy v kategorii kriticky ohrožený, tedy v nepřísněji chráněné kategorii. Podle Červeného seznamu ČR (Procházka 2001) patří do kategorie kriticky ohrožené taxony (C1). Hořeček mnohotvarý český je dvouletá bylina s přímou větvenou lodyhou vysokou obvykle 20 – 30 cm. Listy jsou kopisťovité a za květu většinou již odumřelé. Ve druhé polovině srpna lodyhy rozkvétají fialovými zvonečky. Na jedné lodyze jich bývá až několik desítek. Květní obaly jsou pětičetné, kalich má nápadné cípy, barva koruny je modrofialová.

Hořeček mnohotvarý český je endemitem* Českého masivu. Jeho historický areál zahrnuje Českou republiku, severní Rakousko, Bavorsko a jižní Polsko. V Čechách se historicky vyskytoval na většině území kromě západních a severozápadních Čech a jihovýchodní a východní Moravy. Věrohodně je doložen z více než 650 lokalit v ČR a několika desítek historických lokalit z Rakouska, Bavorska a Polska. Dle botanických údajů byl taxon ještě ve 30. letech 20. století zejména v centrální části svého areálu v obhospodařované krajině poměrně hojný. V některých oblastech v Čechách se jednalo o taxon, který doprovázel velké procento pastvou či pravidelnou sečí a přepásáním obhospodařovaných travních porostů (luk, pastvin, mezí, pasek). Úbytek lokalit výskytu druhu i jejich rozlohy souvisí pravděpodobně především se změnami hospodaření v krajině, zejména s přerušením pastvy ovcí a koz, zarůstáním nebo cíleným zalesňováním stanovišť a eutrofizací*. Mnohde došlo i k přímé likvidaci populací v důsledku zastavění lokality, převrstvení zeminou, rozorání mezí apod. Výrazný úbytek lokalit pokračuje až do dnešní doby.

V současné době se jmenovaný hořeček vyskytuje zejména na stávajících či nedávno opuštěných pastvinách a na pravidelně obhospodařovaných loukách. V letech 2000 až 2010 bylo evidováno celkem 69 lokalit v pěti oblastech ČR. Nejvíce (49) se dosud zachovalo na Šumavě a v Šumavsko-novohradském podhůří, 11 dalších je v oblasti Českomoravské vrchoviny. Další dvě se nacházejí na Drahanské vrchovině, několik recentních lokalit je v Orlickém podhůří a na Broumovsku a jediné, ale velmi bohaté naleziště se dochovalo na Táborsku.

Populace hořečku na zdejší lokalitě Čistá hora byla soustředěna zejména na mez, která se táhla prostředkem louky, která je dnes přírodní památkou. V minulosti byla louka kosena, ale mez zůstávala většinou nepokosena, jen přepasena dobytkem. V roce 1999 byly na zdejší lokalitě zaznamenány stovky kvetoucích hořečků. Pak ale byla mez mechanicky srovnána, splynula s okolní loukou a spolu s ní se kosila, což pravděpodobně způsobilo oslabení populace. V současné době je populace slabá, nicméně pořád přežívající. Až do současnosti je zde každoročně zaznamenáno alespoň několik kvetoucích jedinců. Ve spektru louky mohou hořečky zaujmout již před rozkvětem, jelikož jejich lodyhy nejsou zelené, ale červenohnědě naběhlé, tedy jsou v zelené trávě poměrně nápadné.

Plocha přírodní památky je z botanického hlediska zajímavá nejen pro výskyt hořečků. Velice pěkný je květnový aspekt zdejší louky. Na první pohled je patrné, že spektrum louky na vrcholu kopce je úplně jiné, podstatně druhově bohatší, než spektrum okolních pastvin, které je druhově velice chudé. Zatímco na okolních pastvinách dominují v květnu ruderální pampelišky (Taraxacum sect. Ruderalia) a v létě jsou tyto pastviny jednotvárně zelené porosty trav, na louce přírodní památky na vrcholu kopce v květnovém aspektu na dálku svítí pestrá mozaika žlutých, růžových, modrých, bílých i fialových květů v zelené trávě. Žluté jsou drobnější úbory, než jsou úbory ruderálních pampelišek, patřící druhu máchelka (dříve pampeliška) srstnatá (Leontodon hispidus), která zde hojně roste. Mnohem vzácnější je zde hadí mord nízký (Scorzonera humilis), což je také hvězdnicovitá rostlina se žlutým úborem, ale úbor je o něco chudší a bledší a listy jsou podlouhle kopinaté jako u jitrocele. Růžové hlávky patří jetelům. V louce je hojně zastoupen jetel luční (Trifolium pratense), na okrajích spíše jetel prostřední (Trifolium medium), který má delší a užší lístky a tmavší barvu květů v hlávce než jetel luční. Drobné, a přece nápadné, tmavě modré květy patří druhu vítod obecný (Polygala vulgaris). Bíle kvete všeobecně známá kopretina (Leucanthemum ircutianum), přesněji její úbor má uvnitř drobné žluté trubkovité květy a po obvodu bílé jazykovité květy. Pravým klenotem pozdně jarního spektra je husté hroznovité květenství červenofialových květů vstavačovité rostliny prstnatec májový (Dactylorhiza majalis) se širokými listy s fialovými skvrnami. Velice zajímavým druhem je kokrhel menší (Rhinanthus minor), konkurenčně slabá poloparazitická rostlina vytvářející na svých kořenech přísavky, kterými se přichytává na hostitelské rostliny. Její lodyha je přímá, listy mají pilovitě vroubkovaný okraj, květenství žlutých květů je hroznovité, typické nafouklými kalichy, z nichž vyrůstá dlouhá korunní trubka. Koruna samotná má nápadně vyklenutý horní pysk oddálený od dolního pysku, takže ústí koruny je otevřené pro opylovače. Uprostřed léta se v území objeví nápadné červené kvítky hvozdíku kropenatého (Dianthus deltoides), místně nazývané „slzičky Panny Marie“, bíle kvetoucí světlík lékařský (Euphrasia rostkoviana), drobná poloparazitická rostlina, dříve používaná jako léčivka nebo zajímavá pupava bezlodyžná (Carlina acaulis) s růžicí pichlavých listů a nápadnými velkými úbory, které se za deště zavírají.