Přírodní památka Háje byla zřízena v roce 1992 z důvodu ochrany unikátní květeny na vápencových pahorcích. Jelikož hostí i vzácný taxon hořečku (Gentianella praecox subsp. bohemica), byla v roce 2004 zařazena mezi evropsky významné lokality. Čtyři pahorky současné přírodní památky, s celkovou rozlohou necelé 2 ha, se nacházejí z hlediska biogeografického členění v sušickém bioregionu, z hlediska fytogeografického členění ve fytogeografickém podokrese Volyňské Předšumaví, v nadmořské výšce cca 625 - 637 m n. m.

Podle stávající platné nomenklatury (Kubát: Klíč ke květeně ČR, 2002) je zdejší druh hořečku určen jako taxon hořeček mnohotvarý český (Gentianella praecox subsp. bohemica). Vyhláška MŽP ČR č. 395/1992 Sb. řadí hořeček mnohotvarý český mezi zvláště chráněné druhy v kategorii kriticky ohrožený, tedy v nepřísněji chráněné kategorii. Podle Červeného seznamu ČR (Procházka 2001) patří do kategorie kriticky ohrožené taxony (C1). Hořeček mnohotvarý český je dvouletá bylina s přímou větvenou lodyhou vysokou obvykle 20 – 30 cm. Listy jsou kopisťovité a za květu většinou již odumřelé. Ve druhé polovině srpna lodyhy rozkvétají fialovými zvonečky. Na jedné lodyze jich bývá až několik desítek. Květní obaly jsou pětičetné, kalich má nápadné cípy, barva koruny je modrofialová.

Hořeček mnohotvarý český je endemitem* Českého masivu. Jeho historický areál zahrnuje Českou republiku, severní Rakousko, Bavorsko a jižní Polsko. V Čechách se historicky vyskytoval na většině území kromě západních a severozápadních Čech a jihovýchodní a východní Moravy. Věrohodně je doložen z více než 650 lokalit v ČR a několika desítek historických lokalit z Rakouska, Bavorska a Polska. Dle botanických údajů byl taxon ještě ve 30. letech 20. století zejména v centrální části svého areálu v obhospodařované krajině poměrně hojný. V některých oblastech v Čechách se jednalo o taxon, který doprovázel velké procento pastvou či pravidelnou sečí a přepásáním obhospodařovaných travních porostů (luk, pastvin, mezí, pasek). Úbytek lokalit výskytu druhu i jejich rozlohy souvisí pravděpodobně především se změnami hospodaření v krajině, zejména s přerušením pastvy ovcí a koz, zarůstáním nebo cíleným zalesňováním stanovišť a eutrofizací*. Mnohde došlo i k přímé likvidaci populací v důsledku zastavění lokality, převrstvení zeminou, rozorání mezí apod. Výrazný úbytek lokalit pokračuje až do dnešní doby.

V současné době se jmenovaný hořeček vyskytuje zejména na stávajících či nedávno opuštěných pastvinách a na pravidelně obhospodařovaných loukách. V letech 2000 až 2010 bylo evidováno celkem 69 lokalit v pěti oblastech ČR. Nejvíce (49) se dosud zachovalo na Šumavě a v Šumavsko-novohradském podhůří, 11 dalších je v oblasti Českomoravské vrchoviny. Další dvě se nacházejí na Drahanské vrchovině, několik recentních lokalit je v Orlickém podhůří a na Broumovsku a jediné, ale velmi bohaté naleziště se dochovalo na Táborsku.

Nejlepší doba návštěvy zdejší evropsky významné lokality je zhruba období od poloviny srpna do konce září, kdy hořečky kvetou. Nejbohatší lokalitou popsaného hořečku je severní pahorek, kde každoročně vykvétají stovky rostlin jmenovaného druhu, v příznivých letech i několik tisíc. Z minulosti jsou doloženy nálezy hořečku i z největšího z jižních pahorků, ale zde je populace velice slabá. Od roku 2000 zde byly hořečky nalezeny jen ve dvou sezónách, a to vždy v počtu jen několika jedinců. Z ostatních pahorků nejsou nálezy doloženy, nicméně i jižní pahorky se chrání jako lokality potenciálního výskytu druhu.

Vápencové pahorky jsou však z botanického hlediska zajímavé nejen pro výskyt hořečku. Travní dominantou porostu je válečka prapořitá (Brachypodium pinnatum), typická výběžkatá tráva tvořící husté zapojené porosty světle zelené barvy. Jejím květenstvím je vzpřímený lichoklas složený z válcovitých klásků, který se za květu v létě rozevírá. Pozůstatkem bývalého pastevního využití jsou keře jalovce (Juniperus communis), jehož modré zdužnatělé šištice se používají jako koření. V porostu severního pahorku vegetuje početná populace drobné kapradiny, kterou je vratička měsíční (Botrychium lunaria). Sterilní část připomíná list vyšších rostlin, je jednoduše zpeřená, fertilní část, která připomíná lodyhu, je jemně členěná a obsahuje výtrusnice. V minulosti byla opředena řadou pověstí, podle nichž si poradila se všemi zámky, byla artiklem černé magie a používala se v ranhojičství. V jarním aspektu je v trávě nápadný červeně kvetoucí vítod chocholatý (Polygala comosa). Z jetelů se nejvíce uplatňuje jetel prostřední (Trifolium medium) s červenofialovými květy v hlávce, tvořící celé porosty, poněkud vzácnější, ale také na všech pahorkách rostoucí, je jetel horský (Trifolium montanum), kvetoucí bíle. Nejhojnější orchidejí, s těžištěm výskytu v největším z jižních pahorků, je kruštík tmavočervený (Epipactis atrorubens) s nachově červenými květy v hroznovitém květenství s výškou květní lodyhy až půl metru. Na severním pahorku se vzácně vyskytuje nenápadná orchidej bradáček vejčitý (Listera ovata), pro niž jsou typické dva veliké skoro vstřícné široce vejčité listy v dolní třetině lodyhy a žlutozelené květy v hroznovitém květenství. Další vzácnou rostlinou, hojně rostoucí zejména v největším z jižních pahorků, je lilie zlatohlavá (Lilium martagon), až metr vysoká rostlina s listy v přeslenu a hroznem zajímavých růžovofialových květů. V jednom z malých jižních pahorků v zastínění nadrostu stromů přežívá nevelký porost zajímavé rostliny kociánku dvoudomého (Antennaria dioica), rychle ustupujícího taxonu s růžicemi běloplstnatých listů a růžovými úbory. Lesní části pahorků mají květnatý podrost s hojným výskytem konvalinky (Convallaria majalis), která v květnu vykvétá bílými zvonečky a překrásně voní.

Travobylinná společenstva nelesních částí pahorků obsahující vzácné rostliny jsou zcela závislá na stabilní údržbě lokality. Bez trvalého managementu by pahorky zarostly dřevinami a unikátní společenstvo bezlesí s hořečky i dalšími vzácnými druhy rostlin by zaniklo.