Evropsky významná lokalita (EVL) Horní Malše byla zřízena nařízením vlády ČR č. 132/2005 Sb. Zahrnuje asi čtyřicetikilometrový úsek horního toku Malše od místa, kde přitéká na české území nedaleko od bývalé obce Dolní Přibrání, až po Kaplici, včetně celého hraničního česko­rakouského úseku Malše. V horní části povodí rovněž zahrnuje pramenné oblasti potoků Hraniční, Jelení, Přímý, Rozvětvený, Kabelský a přítok od rybníka Mráček. Předmětem ochrany lokalitě jsou dva živočišné druhy - perlorodka říční (Margaritifera margaritifera) a vydra říční (Lutra lutra), a tři z evropského pohledu vzácné typy přirozené vegetace, a to bučiny asociace Luzulo – Fagetum (bikové bučiny, tedy druhově poměrně chudé), bučiny asociace Asperulo – Fagetum (mařinkové bučiny, květnaté) a lužní lesy několika fytocenologických svazů (porosty olší a vrb).

Bučiny jsou charakteristické spektrem druhů v podrostu. Na úživnějším podkladu je spektrum bohatší a bučiny jsou nazývány bučinami květnatými. Typickými druhy podrostu jsou bažanka vytrvalá (Mercurialis perennis), nenápadná rostlina tvořící zelené koberce bez výrazných květů, svízel vonný (Galium odoratum), dříve mařinka vonná, s listy v přeslenu a drobnými bílými květy, nebo věsenka nachová (Prenanthes purpurea), až metr vysoká bylina s objímavými listy kvetoucí v létě fialovými květy v rozkladité latě. Květnaté bučiny se v území vyskytují poměrně málo, chudé bučiny jsou naopak zastoupeny hojně. Na chudém kyselém podkladu je garnitura druhů odlišná a bučiny se nazývají bikové, po nenáročných bikách, které jsou pro tyto bučiny typické. Již brzy zjara kvete bika chlupatá (Luzula pilosa) s malými tmavě hnědými květy v rozvolněném rozsochatém květenství, o něco později rozkvétají i další druhy bik. Z trav je nejčastější třtina chloupkatá (Calamagrostis villosa), tvořící řídké porosty, a metlička křivolaká (Avenella flexuosa) s měkkými, štětinovitými listy. Tok Malše a jejích přítoků je doprovázen břehovými porosty charakteru horských olšin. Dominantními dřevinami jsou již podle názvu olše, a to nejen olše lepkavá (Alnus glutinosa), všeobecně známý strom rostoucí podél vod v nižších polohách, ale také chladnomilnější olše šedá (Alnus incana), typická pro vyšší polohy. Podle listu se od sebe snadno poznají – olše šedá má čepel listů vejčitou a špičatou, naopak olše lepkavá má čepel listu obvejčitou a na špičce mírně vykrojenou. Ze vzácnějších druhů rostlin se v lesích roztroušeně vyskytují oba druhy plavuní, a to plavuň pučivá (Lycopodium annotinum) a plavuň vidlačka (Lycopodium clavatum), výtrusné rostliny s dlouhými plazivými lodyhami a výtrusnými klasy. Plavuň pučivá má výtrusné klasy většinou jednotlivé, plavuň vidlačka po dvou nebo třech. Vzácně lze najít dřípatku horskou (Soldanella montana), což je nevelká rostlinka s přízemní růžicí okrouhlých listů a s bezlistou lodyhou nesoucí květy – fialové zvonečky s dřípeným okrajem. V podrostu lužních lesů roste roztroušeně oměj pestrý (Aconitum variegatum), prudce jedovatá rostlina kvetoucí v létě velkými modrofialovými květy s vysokou klenutou přilbou.

Předmět ochrany zdejší EVL perlorodka říční (Margaritifera margaritifera) je druh sladkovodního mlže s černohnědou schránkou. Své jméno odvozuje od schopnosti vytvořit uvnitř lastur perlu. Perlorodka je extrémně citlivá ke znečištění vody a změnám prostředí. V rámci Evropy je na pokraji vyhynutí a naší legislativou je chráněna v kategorii kriticky ohrožených druhů. Perlorodka má velice složitý vývoj. Rozmnožování probíhá přes mikroskopickou larvu zvanou glochidie, která zhruba 9 měsíců parazituje na žábrách pstruha obecného (Salmo trutta), kde prodělává metamorfózu na mladou perlorodku. Po dosažení velikosti okolo 0,5 mm mlž odpadne a zahrabává se do provzdušněného sedimentu dna, kde dorůstá v dospělce. Tento okamžik je kritický a až 90% dorostu při něm uhyne. Nejpočetnější populace perlorodek v České republice přežívá právě v jižních Čechách v povodí horní Malše, Vltavy a Blanice. Zde na území EVL Horní Malše byla zjištěna větší populace v úseku mezi Dolním Dvořištěm a osadou Stiegersdorf na rakouském území, jinde jsou nálezy jen ojedinělé. Pstruzi s glochidiemi na žábrách byli odchyceni po celé délce toku Malše.

Rovněž vydra říční (Lutra lutra) je předmět ochrany zdejší EVL. Vydra říční je velká samotářská lasicovitá šelma. Její lovecké teritorium zahrnuje celý úsek horního toku řeky Malše až po Kaplici, přítoky i rybník Mráček. Nejdůležitější složkou potravy vyder jsou menší druhy ryb a obojživelníci. K lovu vodní kořisti je vydra dokonale přizpůsobená. Neobyčejně hustá srst udržuje tělo hbitého plavce v teple, krátké končetiny jsou opatřené plovací blánou a mohutný ocas slouží jako kormidlo. Je aktivní především v noci a tak spíše než šelmu samotnou spatříme její pobytová znamení, jako je rybinou páchnoucí trus a stopy na břehu.

Velice závažnou skutečností je výskyt raka signálního (Pacifastacus leniusculus) v toku Malše. Jedná se o invazní druh raka, který je původní v severní Americe. Jako jediný z raků má na klepetech v místě spojení pohyblivé a nepohyblivé části výraznou světlou skvrnu. Rak signální přenáší račí mor, plísňové onemocnění smrtelné pro naše původní druhy raků, k němuž je sám imunní. Žádný z našich původních raků (r. říční, r. kamenáč) nebyl v Malši nalezen.

Ve vodách Malše žije 18 druhů ryb a kriticky ohrožený bezčelistnatý obratlovec mihule potoční (Lampetra planeri), druh rovněž požívající evropské ochrany. Mihule zde vytváří velice silnou populaci. Dominantními druhy ryb na většině délky toku jsou plotice obecná (Rutilus rutilus), pstruh obecný (Salmo trutta), jelec tloušť (Leuciscus cephalus) a jelec proudník (Leuciscus leuciscus). Velmi hojnou rybou je také vranka obecná (Cottus gobio), rovněž evropsky významný druh, se široce rozprostřenými trnitými ploutvemi, velkou hlavou a vysoko postavenýma očima. Vranka má tělo bez šupin a nemá plynový měchýř, proto neplave jako většina ryb, ale pohybuje se jen krátkými poskoky u dna. Vzácně zde žije také střevle potoční (Phoxinus phoxinus), drobná rybka velikosti do 10 cm, jejíž samci mají na jaře v době tření nápadně pestré zbarvení, a mník jednovousý (Lota lota), až metr dorůstající sladkovodní zástupce treskovitých, který dostal své jméno podle silného vousku na bradě. Vranka, střevle a mník jsou podle naší legislativy ryby chráněné zákonem.

Z obojživelníků se v území hojně vyskytuje chráněná ropucha obecná (Bufo bufo), zavalitá krátkonohá žába s bradavčitou kůží. V tůních žije skokan skřehotavý (Pelophylax ridibundus = Rana ridibunda), rovněž zákonem chráněný. Území obývá i náš jediný jedovatý had zmije obecná (Vipera berus). Z ptáků vázaných na vodní toky zde najdeme ledňáčka říčního (Alcedo atthis), drobného barevného lovce rybek, konipasa horského (Motacilla cinerea) se žlutým bříškem, který často s kmitajícím ocáskem čile pobíhá po kamenech ve vodním toku, a skorce vodního (Cinclus cinclus), pozoruhodného pěvce, který se za svou potravou potápí, přičemž pobíhá po dně a křídla používá jako ploutve.