Evropsky významná lokalita (EVL) Lužnice a Nežárka vznikla nařízením vlády ČR č. 132/2005 Sb., zahrnuje dlouhé úseky toků Lužnice a Nežárky spolu s částí jejich říčních niv. Předmětem ochrany zdejší EVL jsou čtyři z evropského pohledu vzácné druhy živočichů, a to brouk páchník hnědý (Osmoderma eremita), vodní mlž velevrub tupý (Unio crassus), ryba piskoř pruhovaný (Misgurnus fossilis) a lasicovitá šelma vydra říční (Lutra lutra).

Páchník hnědý (Osmoderma eremita) je zavalitý hnědočerný brouk, který obývá dutiny starých listnatých stromů, ale díky skrytému způsobu života bývá jen zřídka zastižen. Jeho larvy se zde v průběhu 3-4 roky dlouhého vývoje živí trouchnivějícím dřevem, ale svůj rodný strom obvykle neopouští ani jako dospělci. Tento druh má proto jen velice omezenou schopnost šíření na nová území a je tak velice citlivý na změny nebo ztrátu přirozeného prostředí. Při průzkumu v roce 2012 nebyl výskyt páchníka hnědého ve starých stromech kolem Lužnice potvrzen, nicméně na území EVL má k dispozici potenciálně vhodná stanoviště k osídlení. Naší legislativou je páchník řazen mezi silně ohrožené druhy živočichů.

Dále při entomologickém průzkumu byly kolem Lužnice zaznamenány druhy hmyzu, který patří mezi druhy zákonem chráněné. Patří mezi ně například několik druhů čmeláků, a to čmelák zemní (Bombus terrestris), čmelák polní (Bombus pascuorum) a čmelák skalní (Bombus lapidarius), kteří jsou hojní na celém území EVL. V okolí Dráchova a Roudné žije nádherně modrofialově opalizující motýl batolec duhový (Apatura iris). Poměrně rozšířený je velký nápadný brouk zlatohlávek skvrnitý (Oxythyrea funesta), původně lesostepní druh, který se dnes šíří do všech teplejších oblastí České republiky.

Velevrub tupý (Unio crassus) je druh sladkovodního mlže s tmavými lasturami o velikosti 50-70 mm. Žije v tekoucích vodách, často i v menších potocích, a dožívá se věku až 15 let. Larvy zvané glochidie, které se vylíhnou z vajíček, parazitují na žábrách ryb. Naší legislativou je zařazen mezi druhy silně ohrožené. Při malakologickém* průzkumu zdejšího úseku Lužnice provedeném v roce 2012 byl jeho výskyt prokázán, avšak populace není příliš početná. Kromě uvedeného druhu byl při průzkumu zjištěn výskyt dalších 30 druhů vodních měkkýšů.

Piskoř pruhovaný (Misgurnus fossilis), další z předmětů ochrany zdejší EVL, je nevelká ryba s protáhlým tělem s tmavými pruhy. Kolem ústního otvoru má 10 vousků. Piskoř obývá málo prokysličené stojaté vody a vyvinula se u něho pozoruhodná adaptace: krom žaberního dýchání dokáže polykat vzduch a kyslík z něj vstřebávat prokrvenou sliznicí střeva. Na území EVL byl zjištěn pouze v několika tůních poblíž Dráchova.

V souvislosti s ověřováním výskytu piskoře byl proveden průzkum rybí fauny zdejší EVL. Vůbec nejhojnější rybou v Lužnici je stříbřitý jelec tloušť (Squalius cephalus) s válcovitým tělem a červenavými ploutvemi. Početná jsou také hejna stříbřitých plotic obecných (Rutilus rutilus) s nápadně červenou duhovkou a drobných ouklejí obecných (Alburnus alburnus). Běžný je i hrouzek obecný (Gobio gobio) s protáhlým tělem a spodními ústy s párem vousků, který si hledá potravu u dna. V proudných úsecích je častá parma obecná (Barbus barbus). Vzácně zde žije také mník jednovousý (Lota lota), jediný sladkovodní zástupce treskovitých, který své jméno dostal podle silného vousku na bradě. Ohrožený jelec jesen (Leuciscus idus) vytváří větší populace spíše v přítocích Lužnice. V tůních podél řeky najdeme karase obecného (Carassius carassius), rybu podobnou kapru, ale bez vousků.

Vydra říční (Lutra lutra), poslední z předmětů ochrany zdejší EVL, je mohutná samotářská lasicovitá šelma, která může i s ocasem měřit až 130 cm. Její lovecké teritorium zahrnuje celý úsek Lužnice až po soutok s Vltavou. Řeka s hustou rybí osádkou je pro ni cenným potravním stanovištěm a klidné úseky zase nabízí ideální místa pro vytváření odpočinkových míst a nor. Nejdůležitější složkou potravy zdejších vyder jsou menší druhy ryb a obojživelníci. K lovu vodní kořisti je vydra dokonale přizpůsobená. Je výborným plavcem, má velice hustou srst, pětiprsté končetiny opatřené plovací blánou a silný ocas. Je aktivní především v noci a tak spíše než šelmu samotnou spatříme její pobytová znamení, jako je rybinou páchnoucí trus a stopy na břehu.

Z hlediska výskytu obojživelníků a plazů je v rámci EVL nejcennější plocha přírodní rezervace Dráchovské tůně. Těžiště výskytu zde mají dva ocasatí obojživelníci - hojnější čolek obecný (Lissotriton vulgaris = Triturus vulgaris), kterého lze najít i v dalších tůních v nivě Lužnice, a méně početný čolek horský (Ichtyosaura alpestris = Triturus alpestris). Stejný charakter výskytu, tedy s těžištěm v nivě kolem Dráchova, mají některé druhy žab. Patří mezi ně skokan ostronosý (Rana arvalis) ze skupiny „hnědých“ skokanů, jehož samci mají na jaře v období páření blankytně modré zbarvení, skokan krátkonohý (Pelophylax lessonae = Rana lessonae) ze skupiny „zelených“ skokanů, blatnice skvrnitá (Pelobates fuscus) podobná ropuše, ale s vertikální zornicí, a rosnička zelená (Hyla arborea), drobná žabka s přísavkami na prstech. Naopak v celé EVL jsou hojné dva druhy žab, a to hnědá zavalitá žába s bradavičnatou kůží ropucha obecná (Bufo bufo) a všeobecně známý skokan zelený (Pelophylax esculentus = Rana esculenta).

I populace plazů mají své těžiště výskytu v nivě kolem Dráchova. Žije zde ještěrka obecná (Lacerta agilis) i ještěrka živorodá (Zootoca vivipara). Zatímco ještěrka obecná klade kožovitá vajíčka do písku na prohřátém stanovišti, ještěrka živorodá nosí vajíčka ve svém těle do ukončení vývoje zárodku a klade je až v okamžiku líhnutí mláďat. Dále zde žije slepýš křehký (Anguis fragilis), beznohý ještěr podobný hadu, a zástupce hadů užovka obojková (Natrix natrix), výborný plavec živící se převážně obojživelníky.

Z ptáků žije podél Lužnice ledňáček říční (Alcedo atthis), drobný, překrásně zbarevný lovec rybek. Vysedává nad hladinou obvykle na větvích stromů nebo jiných pozorovatelnách a na svoji kořist se vrhá střemhlav pod hladinu. Tůně u Dráchova a okolní mokřady představují ideální potravní stanoviště pro volavku popelavou (Ardea cinerea), velkého dlouhonohého ptáka s popelavě šedými zády a kontrastně černou chocholkou per v týlu.