Chráněné území zahrnující Nerestský lom bylo zřízeno v roce 1985, poté bylo v roce 1992 zrušeno a znovu bylo zřízeno v roce 1995. Přírodní památka Nerestský lom zahrnuje hlavní velký lom, malé starší lomy u jeho okraje a nejbližší okolí. Nachází se ve slapském bioregionu, ve fytogeografickém podokrese Březnické Podbrdsko, v nadmořské výšce cca 460 - 484 m n. m. Plocha přírodní památky Nerestský lom je pro výskyt vápnomilné vegetace současně evropsky významnou lokalitou.

Zdejší krystalický vápenec pochází z čočky vápence usazené v moři starších prvohor. Koncem 19. století se zdejší vápenec těžil ve dvou menších lomech, ve 20. století byl pak založen velký lom. Těžba definitivně ustala v 70. letech 20. století. Od té doby je území ponecháno samovolnému vývoji.

Ve velkém lomu u paty stěn roste poměrně početná populace vratičky měsíční (Botrychium lunaria). Jedná se o drobnou kapradinu, jejíž sterilní část je jednoduše zpeřená a připomíná list vyšších rostlin, fertilní část je členěná a připomíná lodyhu. V bočním lomu v západní části přírodní památky roste ještě vzácnější kapradina, a to hadí jazyk obecný (Ophioglossum vulgatum), což je žlutozelená kapradina také drobného vzrůstu. Sterilní část vypadá jako jednoduchý vejčitý list, fertilní část jako čárkovitý klas. Fertilní část kapradin nese výtrusnice, z nichž jsou po dozrání uvolňovány výtrusy, které jsou větrem roznášeny do okolí. Obě jmenované kapradiny patří mezi druhy zákonem zvláště chráněné.

Travobylinné porosty těsného okolí lomu jsou z důvodu bohatého podloží neobyčejně floristicky bohaté. Dominuje nejčastěji válečka prapořitá (Brachypodium pinnatum) tráva s válcovitými klásky. Častý je modře (ale zde i růžově) kvetoucí zběhovec lesní (Ajuga genevensis), fialová chrpa čekánek (Centaurea scabiosa), žlutě kvetoucí řepík lékařský (Agrimonia eupatoria) a starček přímětník (Senecio jacobaea), jemná mařinka psí (Asperula cynanchica) s bílými květy. Nad západní hranou lomu roste porost dobromysli (Origanum vulgare) odedávna používané jako koření. Roztroušeně roste v porostu bíle kvetoucí jemná mrkvovitá rostlina sesel roční (Seseli annuum) a drobný červeně kvetoucí vítod chocholatý (Polygala comosa). Zákonem chráněná je početná populace sasanky lesní (Anemone sylvestris) rostoucí nad severní hranou lomu. Sasanka lesní je na rozdíl od mnohem běžnější sasanky hajní mohutnější, s plstnatým listem a větším květem. Vzácnou zdejší rostlinou je také rozrazil rozprostřený (Veronica prostrata) rostoucí zejména kolem příjezdové cesty do velkého lomu, jehož kvetoucí část je vystoupavá a v květnu nese hrozen světle modrých souměrných květů. Ve stejném období lze najít žlutě kvetoucí trsy voskovky menší (Cerinthe minor) nebo jemnou krásnou růžově kvetoucí rostlinu hvozdíček prorostlý (Petrorhagia prolifera). V západní části území je soustředěn výskyt chrpy latnaté (Centaurea stoebe), vzácnější růžovofialově kvetoucí chrpy s nápadně úzkými listy s peřenosečnou čepelí. Nad severní hranou lomu kvete již v dubnu populace prvosenky jarní (Primula veris). V létě je častý žlutě kvetoucí devaterník velkokvětý (Helianthemum grandiflorum) nebo řimbaba chocholičnatá (Pyrethrum corymbosum), kopretina s více úbory na lodyze.

Lom měl být původně ještě rozšiřován, a proto na částech okolí byla provedena skrývka zeminy. Vznikla tak stanoviště s mělkou půdou. Nejčastější dominantou je zde jestřábník chlupáček (Hieracium pilosella) se žlutými úbory a krvavec menší (Sanguisorba minor) s nenápadným zelenavým květenstvím. V popsaném společenstvu rostou některé na jihočeskou květenu pozoruhodné druhy, např.: černohlávek velkokvětý (Prunella grandiflora) s typickým fialovým květem, hlaváč fialový (Scabiosa columbaria) podobný běžnému chrastavci, červeně kvetoucí hvozdík kartouzek (Dianthus carthusianorum), bíle kvetoucí jetel horský (Trifolium montanum) nebo pamětník rolní (Acinos arvensis). V severozápadní části přírodní památky kvete v jarním období nápadná populace vičence (Onobrychis viciifolia), vikvovité rostliny s růžovým hroznovitým květenstvím. Dále se ve spektru uplatňují další typické prvky mělkých půd jako mateřídouška, rozchodníky, úročník, mochna jarní (Thymus pulegioides, Sedum acre, S. sexangulare, Anthyllis vulneraria, Potentilla tabernaemontani) a další. Ve štěrbinách skalek rostou pelyněk ladní (Artemisia campestris) a kapradina sleziník routička (Asplenium ruta-muraria).

Území přírodní památky poskytuje útočiště hned několika druhům silně ohrožených obojživelníků. Přežívají zde malé izolované populace čolka obecného (Lissotriton vulgaris) a čolka velkého (Triturus cristatus), ocasatých obojživelníků, kteří svůj život tráví na území přírodní památky–rozmnožují se v mělkých tůních napájených dešťovou vodou na jeho dně a přezimují v kamenných sutích. Obdobným způsobem života žije i kuňka obecná (Bombina bombina), naše nejjedovatější žába s pestře oranžovo-černě skvrnitým bříškem. Kuňka zde žije v populaci čítající několik desítek kusů. Početnější je blatnice skvrnitá (Pelobates fuscus), zajímavá žába podobná ropuše, ale s vertikální zornicí. Její pulci mohou dosahovat velikosti až 17 centimetrů. Žije zde také skokan štíhlý (Rana dalmatina), hnědavá žába s kontrastní čokoládovou až černohnědou spánkovou skvrnou. Jmenované druhy žab využívají zdejší vodní plochy k rozmnožování a po období páření migrují do širokého okolí.

Z plazů je hojně zastoupena ještěrka obecná (Lacerta agilis), neboť lom je pro ni ideálním prostředím. Spolu s ní se tu vyskytuje i slepýš křehký (Angius fragilis), beznohá ještěrka připomínající hada. Oba druhy jsou zvláště chráněné.

Zdejší lokalita je důležitým potravním stanovištěm ptáků. Na lov obojživelníků sem zaletuje například ohrožený moták pochop (Circus aeruginosus). Oproti hojné káni lesní (Buteo buteo), která sem rovněž zaletuje, má moták štíhlejší tělo a delší ocas, dospělí samci mají navíc černé špičky křídel. V území hnízdí koroptev polní (Perdix perdix) a pravidelně sem zavítá i křepelka polní (Coturnix coturnix). Tito drobní kurovití ptáci byli kdysi běžnou součástí naší přírody, ale v důsledku zániku tradičního hospodaření v krajině se jejich stavy snížily natolik, že dnes jsou zákonem zvláště chráněné. Mladé v lomu pravidelně vyvádí i ohrožený pěvec ťuhýk obecný (Lanius collurio). Svou kořist, hmyz a drobné obratlovce, vyhlíží z vrcholků keřů a úlovek napichuje na trny a větévky jako do spižírny. V době tahu se zde vzácně může objevit i bělořit šedý (Oenanthe oenanthe), šedavý ptáček se žlutohnědou hrudí, zákonem zvláště chráněný.