Přírodní rezervace Opolenec byla zřízena vyhláškou Okresního úřadu v Prachaticích v roce 1985 z důvodu ochrany unikátní květeny na vápencovém podloží. Jelikož hostí i vzácný taxon hořečku (Gentianella praecox subsp. bohemica), stala se nařízením vlády ČR č. 132/2005 Sb. evropsky významnou lokalitou. Rezervace se nachází z hlediska biogeografického členění v sušickém bioregionu, z hlediska fytogeografického členění ve fytogeografickém podokrese Čkyňské vápence, v nadmořské výšce cca 570 - 690 m n.m.

Předmětem ochrany evropsky významné lokality je vzácný druh hořečku. Podle stávající platné nomenklatury (Kubát: Klíč ke květeně ČR, 2002) se jedná o taxon hořeček mnohotvarý český (Gentianella praecox subsp. bohemica). Vyhláška MŽP ČR č. 395/1992 Sb. řadí hořeček mnohotvarý český mezi zvláště chráněné druhy v kategorii kriticky ohrožený, do stejné kategorie je řazen i Červeným seznamem.

Hořeček mnohotvarý český je dvouletá bylina s přímou větvenou lodyhou vysokou obvykle 20 – 30 cm. Listy jsou kopisťovité a za květu většinou již odumřelé. Ve druhé polovině srpna lodyhy rozkvétají fialovými zvonečky. Na jedné lodyze jich bývá až několik desítek. Květní obaly jsou pětičetné, kalich má nápadné cípy, barva koruny je modrofialová.

Hořeček mnohotvarý český je endemitem Českého masivu. Jeho historický areál zahrnuje Českou republiku, severní Rakousko, Bavorsko a jižní Polsko. V Čechách se historicky vyskytoval na většině území kromě západních a severozápadních Čech a jihovýchodní a východní Moravy. Věrohodně je doložen z více než 650 lokalit v ČR a několika desítek historických lokalit z Rakouska, Bavorska a Polska. Dle botanických údajů byl taxon ještě ve 30. letech 20. století zejména v centrální části svého areálu poměrně hojný. Úbytek lokalit výskytu druhu i jejich rozlohy souvisí pravděpodobně především se změnami hospodaření v krajině, zejména s přerušením pastvy ovcí a koz, zarůstáním nebo cíleným zalesňováním stanovišť a eutrofizací. V současné době se vyskytuje zejména na stávajících či nedávno opuštěných pastvinách a loukách. V letech 2000 až 2010 bylo evidováno celkem 69 lokalit v pěti oblastech ČR. Nejvíce (49) se dosud zachovalo na Šumavě a v Šumavsko-novohradském podhůří, 11 dalších je v oblasti Českomoravské vrchoviny, jedna na Táborsku. Zbývající ojedinělé lokality jsou na Drahanské vrchovině, v Orlickém podhůří a na Broumovsku.

Hořečky jsou ve zdejší rezervaci známy ze tří malých izolovaných mikrolokalit. Nejlepší z nich je louka ve střední části rezervace, označována jako Vanického louka, slabé populace jsou evidovány ještě v jižní části rezervace kolem rozcestí na vrcholu a v severní části rezervace na malé louce u jeskyně. Početnost populací je sledována od roku 2000 a je značně střídavá. Na první lokalitě kolísá od cca 180 kvetoucích rostlin v letech příznivých po několik málo jedinců v letech nepříznivých. Další dvě populace mívají v letech příznivých několik kvetoucích jedinců, v letech nepříznivých žádné.

Rezervace Opolenec je však z botanického hlediska zajímavá nejen pro svůj výskyt hořečků, ale celkově je nesmírně floristicky bohatá. Především je velice výrazným stanovištěm orchidejí, za jejichž krásou je nejlépe vyrazit ve druhé polovině května nebo v červnu. Lokalita je jediným nalezištěm tořiče hmyzonosného (Ophrys insectifera) v Jihočeském kraji. Tořiče jsou velice zajímavé orchideje, které své opylení řeší kamufláží – spodní pysk jejich květu připomíná samičku hmyzu a ošálený sameček, který na něj usedne, zabezpečí přenos pylu. Na loukách a světlinách na okrajích lůmků ojediněle rostou další překrásné orchideje, a to pětiprstka žežulník (Gymnadenia conopsea) s hustým hroznem tmavě růžových květů. Vzácně se v rezervaci vyskytují oba naše druhy vemeníků, a to vemeník dvoulistý i zelenavý (Platanthera bifolia, P. chlorantha), kvetoucí bíle. Roztroušeně roste v rezervaci zeleně kvetoucí orchidej bradáček vejčitý (Listera ovata), se dvěma velkými nápadnými listy na lodyze. Nejhojnějšími orchidejemi jsou v rezervaci kruštíky – červeně kvetoucí kruštík tmavočervený (Epipactis atrorubens) a zelenavě kvetoucí kruštík širolistý (Epipactis helleborine).

Ve zdejších světlých lesích je velice hojný ostružiník skalní (Rubus saxatilis), vzácnější drobný ostružiník s trojčetným listem, který má na rozdíl od většiny ostružiníků červené plody. Roztroušeně se v lese vyskytuje lýkovec jedovatý (Daphne mezereum), nevelký keř, kvetoucí brzy na jaře fialovými květy, které překrásně voní, z nichž se v létě vyvinou svítivě červené jedovaté plody. V podrostu lesů na bývalých pastvinách přežívá jalovec obecný (Juniperus communis), jehož modré zdužnatělé šištice se používají jako koření. Jedním z nejvzácnějších klenotů zdejší rezervace je na několika místech rostoucí jednokvítek velekvětý (Moneses uniflora), kriticky ohrožený druh naší květeny. Z porostu jeho malých nenápadných růžic v květnu vyrůstají bezlisté lodyhy s velikým bílým rozevřeným květem. V rezervaci se udržuje početná populace kociánku dvoudomého (Antennaria dioica), rychle ustupujícího taxonu s růžicemi běloplstnatých listů a růžovými úbory, který zde bohatě kvete.

Na jaře je při pozorném pohledu do řídkého lučního porostu možné objevit drobounkou vzácnou kapradinu vratičku měsíční (Botrychium lunaria). Naopak velice nápadné jsou dvě lilie – růžově kvetoucí lilie zlatohlavá (Lilium martagon) a oranžově kvetoucí lilie cibulkonosná (Lilium bulbiferum). Na konci léta je ve vlhčí části luk nápadná bíle kvetoucí tolie bahenní (Parnasia palustris).

V olšině u starého mlýnského náhonu rostou zase jiné, ale rovněž vzácné i zajímavé rostliny. Brzy zjara zde kvetou bílými zvonečky bledule jarní (Leucojum vernum), současně nebo brzy po nich vykvetou žlutě prvosenky vyšší (Primula elatior). V té době se můžou ukázat zvláštní nezelené rostliny, parazitující na kořenech stromů. Je to podbílek šupinatý (Lathraea squamaria) nápadný bílou až sytě růžovou barvou celých lodyh. V létě zaujme kapradina pérovník pštrosí (Matteuccia struthiopteris), tvořící mohutné porosty, s různými listy sterilními a fertilními, nebo oměj pestrý (Aconitum variegatum), statná více než metr vysoká rostlina s modrým květem zajímavého tvaru s vysokou přilbou. Oměj patří k nejjedovatějším rostlinám naší květeny. Za středověku se jed užíval k přípravě otrávených návnad na nebezpečná zvířata, např. na vlky. Pro člověka jsou jedovaté alkaloidy oměje smrtelné a poměrně rychle působící, první příznaky se dostaví již po několika minutách po požití a smrt nastává za několik hodin.

Rezervace je celkově botanicky velice bohatá. Pro zachování diverzity stanovišť jsou řízeným managementem udržovány plochy bezlesí. Pokud by kosení luk ustalo, louky by zarostly a vzácné rostliny travních společenstev by vyhynuly.