Evropsky významná lokalita (EVL) Rašeliniště Kapličky byla na seznam evropsky významných lokalit zařazena nařízením vlády 132/2005 Sb. Vyhlášena byla za účelem ochrany evropsky významných přírodních stanovišť vrchoviště a rašelinný les a populace evropsky významného druhu brouka jménem střevlík Ménetriesův (Carabus menetriesi pacholei). Nejcennější severní část území EVL o rozloze 72,74 ha je chráněna jako přírodní rezervace již od roku 1992.

Rašeliniště Kapličky je jedno z nejníže položených šumavských vrchovišť s rašelinnou klečí, značně izolované od podobných lokalit. Území nese název podle bývalé obce Kapličky zaniklé v důsledku vysídlení pohraničí. Leží v oblasti pramenných zdrojnic Lipového potoka, v ploché pramenné sníženině s četnými prameništi a rašeliništi. Poblíž severozápadního okraje EVL se nachází nevelký oligotrofní* rybník jménem U Prokopané hráze. Prakticky celá plocha byla v minulosti obhospodařovaná a kromě existence sečených luk a pastvin se zde rovněž hojně těžila rašelina, o čemž svědčí zachovalé zbytky borkovišť a sítě odvodňovacích kanálů.

Vegetační pokryv území je dnes tvořen komplexem rašelinných a vlhkých lesů, otevřených vrchovišť, přechodových rašelinišť, vlhkých pcháčových luk, porostů vysokých ostřic, méně i kosenými loukami a smilkovými trávníky. Nejcennější jsou z pohledu evropské ochrany vrchoviště a rašelinné lesy, obě jmenované kategorie jsou prioritními stanovišti soustavy Natura 2000.

Stromové patro rašelinného lesa tvoří nejčastěji borovice a bříza. Stromový vzrůst má borovice lesní (Pinus sylvestris), vystoupané kmeny nebo keřový vzrůst je typický pro borovici kleč (Pinus mugo). Odborné spory se vedou o zastoupení borovice blatky (Pinus rotundata), velmi vzácné borovice typické pro rašeliniště, která je středoevropským endemitem. V podrostu rašelinných lesů jsou hojné mechorosty, v nichž se uplatňují keříčkovité brusnice. Roste zde všeobecně známá brusnice borůvka (Vaccinium myrtillus), opadavý keřík s černými chutnými plody, brusnice brusinka (Vaccinium vitis-idaea), stále zelená rostlina s červenými plody, rovněž využívaná v kulinářství, a vlochyně bahenní (Vaccinium uliginosum), vyšší keřík s modrými plody, které však po rozmáčknutí nebarví. Plody vlochyně jsou mírně jedovaté a mají halucinogenní účinky. Běžným prvkem podrostu je nízký vřes obecný (Calluna vulgaris) stálezelený keřík s jehlicovitými listy a v létě s drobnými fialovými květy. Hojný je rovněž černýš luční (Melampyrum pratense), poloparazitická jednoletá rostlina se slabým kořenovým systémem a žlutobílými květy. V podrostu blatkových borů je v porostech rašeliníků místy hojnější suchopýr pochvatý (Eriophorum vaginatum), hustě trsnatá rostlina s jediným kláskem květenství, z něhož vyčnívající dlouhé bílé chlupy vypadají jako chomáčky vaty, nebo klikva bahenní (Oxycoccus palustris), zvláště chráněná rostlina, s drobounkými listy na plazivých lodyhách, překrásnými růžovými květy a na podzim velkými červenými bobulemi, mnohem většími než má brusinka.

Vrchovištní rašeliniště jsou srážkovou vodou zásobená horská rašeliniště. Vyznačují se charakteristickým nad úroveň okolního povrchu vyklenutým tvarem s vrcholovou plošinou. Na tvorbě rašelinného ložiska se podílejí především rašeliníky, které jsou dominantní složkou vegetace. Komplex vrchovištní vegetace je ve zdejším území typicky vyvinut. Na porost rašeliníků otevřených vrchovišť jsou vázány nízké keříčky, z nichž největší zastoupení má na otevřených rašelinných plochách vlochyně bahenní (Vaccinium uliginosum). V porostech rašeliníků je hojně uplatňuje trsnatý suchopýr pochvatý (Eriophorum vaginatum), plazivá klikva bahenní (Oxycoccus palustris), a zvláště chráněná rostlina kyhanka sivolistá (Andromeda polifolia), stálezelený nevelký keřík s úzkými listy, které jsou z lícové strany tmavě zelené a z rubové strany sivé, a s drobnými něžně růžovými květy tvaru nafouklého zvonečku.

V území jsou dále zastoupena přechodová rašeliniště typická vyšším zastoupením řady druhů ostřic. Hojná je zde přeslička poříční (Equisetum fluviatile), nápadná v jarním období nevětvenými lodyhami, dále mochna bahenní (Potentilla palustris), dříve zábělník bahenní, s temně červenohnědými květy, nebo violka bahenní (Viola palustris), nevonná violka s bledě fialovým květem. Podél potůčků je místy nápadný pryskyřník omějolistý (Ranunculus aconitifolius) s bílými květy. V krátkostébelných trávnících vzácně roste hadí mord nízký (Scorzonera humilis), hvězdnicovitá rostlina s kopinatým listem a světle žlutými úbory, nebo o něco vyšší prha arnika (Arnica montana), s okrouhlými listy v přízemní růžici a žlutooranžovým úborem. Arnika je stará léčivá rostlina, místy dříve hojně sbíraná, ale dnes zákonem chráněná. V podrostu smíšených a jehličnatých lesů a na lesních okrajích roste chráněná dřípatka horská (Soldanella montana), drobná rostlinka s okrouhlými listy a fialovými květy tvaru zvonku s dřípeným okrajem, nebo plazivá výtrusná rostlina plavuň vidlačka (Lycopodium clavatum).

Předmět evropské ochrany střevlík Ménetriesův (Carabus ménetriesi pacholei) je dravý brouk s měděně lesklými krovkami, který osidluje výhradně původní rašeliniště a na ně navazující rašelinné a vlhké louky. Žije, rozmnožuje se i přezimuje přímo ve vrstvách živého rašeliníku a díky své náročnosti na čistotu prostředí slouží jako významný bioindikátor. Naší legislativou je řazen mezi kriticky ohrožené druhy, tedy do nejpřísněji chráněné kategorie. Zdejší populace je sice poněkud méně početná ve srovnání se šumavskými lokalitami, nicméně je perspektivní.

Fauna zdejších bezobratlých obsahuje i další pěkné a vzácné druhy. Z chráněných brouků zde žije střevlík polní (Carabus arcensis), s krovkami spíše do hněda na rozdíl od střevlíka Menetriesova, nebo zlatohlávek skvrnitý (Oxythyrea funesta), zavalitý černý brouk s dekorativním bílým tečkováním. Krásnými exempláři jsou motýli. Nad otevřenými plochami rašelinišť poletuje silně ohrožený žluťásek borůvkový (Colias palaeno), svým vývojem vázaný výhradně na vlochyni bahenní, kterou se živí jeho housenky. Ojediněle můžete na zdejších loukách spatřit i nádherného ohroženého otakárka fenyklového (Papilio machaon) s výraznými ostruhami na zadních křídlech. Dalším zajímavým druhem motýla je hnědásek rozrazilový (Melitaea diamina), typický obyvatel pramenišť a rašelinných luk. Při průzkumu zde bylo zaznamenáno devět druhů ohrožených čmeláků a pačmeláků. Významným taxonem je například silně ohrožený pačmelák cizopasný (Bombus rupestris = Psythirus rufipes). Samice pačmeláků pronikají do hnízd čmeláků, kde zlikvidují původní královnu a převezmou celou kolonii. Dělnice pak místo potomků svého druhu obstarávají potomstvo vetřelce.