Evropsky významná lokalita (EVL) Vlašimská Blanice byla vyhlášena nařízením vlády ČR č. 132/2005 Sb. Důvodem evropské ochrany je výskyt čtyř vzácných živočichů, jimiž jsou: páchník hnědý (Osmoderma eremita), velevrub tupý (Unio crassus), mihule potoční (Lampetra planeri) a vydra říční (Lutra lutra). EVL se nachází v nadmořské výšce 390 - 430 m n. m. a celkem zahrnuje cca 30 km dlouhý úsek toku Blanice mezi Mladou Vožicí a Vlašimí spolu se zámeckým parkem ve Vlašimi a částí Domašínského potoka. Zasahuje na území dvou krajů – Středočeského a Jihočeského.

Na území Jihočeského kraje se jedná zhruba o 9 km dlouhý úsek řeky od Mladé Vožice po hranice kraje severovýchodně od obce Skrýšov. V tomto úseku má Blanice charakter neregulovaného meandrujícího toku s vysokou diverzitou hloubky i proudu vytvářející četné tišiny a tůně. Dno je převážně štěrkovité až kamenité. Tok je doprovázen různě širokým lemem doprovodných dřevin, v němž dominuje olše lepkavá (Alnus glutinosa) a vrby (přev. Salix fragilis).

Páchník hnědý (Osmoderma eremita) je zavalitý hnědočerný brouk, který obývá dutiny starých listnatých stromů, ale díky skrytému způsobu života bývá jen zřídka zastižen. Jeho larvy se zde v průběhu 3-4 roky dlouhého vývoje živí trouchnivějícím dřevem, ale svůj rodný strom obvykle neopouští ani jako dospělci. Tento druh má proto jen velice omezenou schopnost šíření na nová území a je tak velice citlivý na změny nebo ztrátu přirozeného prostředí. Průzkumem provedeným v roce 2012 nebyl výskyt páchníka hnědého v jihočeském úseku EVL Vlašimská Blanice potvrzen. Těžiště výskytu sledovaného druhu se nachází ve středočeské části EVL, zejména v zámeckém parku Vlašim. Nicméně na území Jihočeského kraje se vyskytují dřeviny, představující vhodný biotop pro osídlení páchníkem. Naší legislativou je páchník řazen mezi silně ohrožené druhy živočichů.

Velevrub tupý (Unio crassus) je druh sladkovodního mlže s tmavými lasturami velikosti 50-70 mm. Žije v tekoucích vodách, často i v menších potocích, a dožívá se věku až 15 let. Larvy zvané glochidie, které se vylíhnou z vajíček, parazitují na žábrách ryb. Naší legislativou je zařazen mezi druhy silně ohrožené. Při malakologickém průzkumu zdejšího úseku Blanice byl prokázán početný výskyt velevruba v okolí Skrýšova. Kromě uvedeného druhu byl při průzkumu prokázán ještě výskyt dalších vzácnějších druhů mlžů, a to velevruba malířského (Unio pictorum), škeble rybničné (Anodonta cygnea) a okrouhlice rybničné (Musculium lacustre) a 10 dalších běžných druhů vodních měkkýšů.

Mihule potoční (Lampetra planeri) je velice zajímavý živočich obývající vodní toky. Patří do samostatné skupiny bezčelistných (Agnatha), což jsou starobylí obratlovci. Dospělec mihule má protáhlé hadovité tělo délky až 16 cm pokryté slizkou kůží bez šupin. Ústní otvor je opatřen kruhovitou ústní přísavkou s tupými rohovitými zoubky. Na těle je nápadná řada sedmi okrouhlých žaberních štěrbin za očima. Larva mihule se nazývá minoha. Na rozdíl od dospělců má nevyvinuté oči překryté kůží, podkovovitou ústní přísavku a žaberní štěrbiny zanořené v rýze. Minohy žijí několik let v klidnějších tišinách zahrabané v jemných náplavech dna. Filtrují organické zbytky z usazenin a fungují tak jako přirození čističi vodních toků. Na konci léta se změní v dospělce, kteří mají zakrnělý trávicí trakt, takže vůbec nepřijímají potravu a využívají zásoby, které během růstu nahromadila larva. Po vytření v jarním období rychle hynou. Mihule dříve patřila mezi běžně lovené a konzumované druhy, ale dnes je tak vzácná, že je podle naší legislativy řazena mezi kriticky ohrožené druhy živočichů. Navzdory přítomnosti množství morfologicky velmi vhodných stanovišť ve zdejším úseku Blanice se její výskyt nepodařilo v roce 2012 potvrdit.

Vydra říční (Lutra lutra) je šelma z čeledi lasicovitých. Její tělo je dokonale přizpůsobeno lovu vodní kořisti. Neobyčejně hustá srst udržuje tělo hbitého plavce v teple, krátké pětiprsté končetiny mají prsty opatřené plovacími blánami, silný ocas slouží jako kormidlo a na jeden nádech dokáže pod hladinou uplavat až 400 metrů. Při celkové délce těla 80 - 130 cm (délka ocasu je 30 – 50 cm), dosahuje vydra říční hmotnosti 5 až 10 kg. Doba březosti trvá 2 měsíce a samice rodí v létě 1 – 4 slepá mláďata, o která pečuje asi 1 rok. Vydry jsou masožravé šelmy stojící na vrcholu potravního řetězce. Hlavní složkou jejich potravy jsou menší ryby do 20 cm. Dle dostupných historických údajů byla vydra až do poloviny 19. století rozšířena po celém území České republiky, ale pak došlo k výraznému snížení populace. V současné době je zákonem chráněná, ale ohrožuje ji nezákonný lov a úhyny na komunikacích. Průzkum provedený v roce 2012 prokázal, že lovecké teritorium vydry říční zahrnuje celý úsek řeky Blanice na území Jihočeského kraje.

Provedené průzkumy přinesly mnoho dalších zajímavých poznatků o zdejší fauně. Co se týče výskytu chráněných bezobratlých živočichů, v okolí Šebířova se ojediněle vyskytují motýli bělopásek topolový (Limenitis populis) a batolec duhový (Apatura iris). Na květech rostlin v létě můžete spatřit černobílého brouka zlatohlávka skvrnitého (Oxythyrea funesta). Hustota rybí populace v toku je poměrně nízká. Dominantními druhy jsou naše nejběžnější ryba plotice obecná (Rutilus rutilus), jelec tloušť (Squalius cephalus) a hrouzek obecný (Gobio gobio). Vzácněji se vyskytuje úhoř říční (Anguilla anguilla) s hadovitým tělem a velice pozoruhodným vývojem začínajícím v moři. Z obojživelníků se hojně vyskytuje ohrožená ropucha obecná (Bufo bufo), zavalitá hnědá žába s bradavičnatou kůží, a celkem běžný skokan hnědý (Rana temporaria). Území kolem Blanice je domovem čtyř zvláště chráněných druhů plazů. Žije zde ještěrka obecná (Lacerta agilis) i ještěrka živorodá (Zootoca vivipara). Zatímco ještěrka obecná klade kožovitá vajíčka, ještěrka živorodá nosí vajíčka ve svém těle do ukončení vývoje zárodku a klade je až v okamžiku líhnutí mláďat. Dále zde žije slepýš křehký (Anguis fragilis), beznohý ještěr podobný hadu, a zástupce hadů užovka obojková (Natrix natrix), výborný plavec a specialista na lov obojživelníků. Pestré je zdejší ptačí společenstvo. Kromě běžných drobných druhů ptáků, jako je budníček větší (Phylloscopus collybita), b. menší (Phylloscopus trochilus) a několik druhů sýkor, najdeme ve zdejších břehových porostech například zde hnízdící šplhavce strakapouda velkého (Dendrocopos major) nebo žlunu zelenou (Picus viridis). Typické jsou druhy vázané na vodoteče, jako je skorec vodní (Cinclus cinclus), cvrčilka říční (Locustella fluviatilis), zákonem chráněný ledňáček říční (Alcedo atthis) podobný létajícímu diamantu, nebo konipas horský (Motacilla cinerea) s nápadně žlutou náprsenkou. Za potravou sem zaletuje čáp černý (Ciconia nigra) nebo dravec moták pochop (Circus aeruginosus). V noci můžete zaslechnout výra velkého (Bubo bubo), největší evropskou sovu. Poslední tři jmenované druhy ptáků jsou zákonem chráněné.